في أوائل عام 1860 بلغ عدد العمال 1700 عامل ولم يكن ذلك العدد كافياً على الإطلاق فقامت الشركة بتشكيل لجنة لجمع العمال وخاصة من منطقة بحيرة المنزلة وواجهت كذلك مشكلة مياه الشرب فقامت باستيراد 3 مكثفات لتحلية مياه البحر
في عام 1861 ركزت الشركة على إنشاء ميناء مدينة بورسعيد، فأقامت منارة لإرشاد السفن وكوبرى يمتد من البحر إلى الشاطئ لتفريغ شحنات السفن والمعدات اللازمة للحفر وأنشأت أيضاً حوضا أ للميناء وأقامت الورش الميكانيكية مثل الحدادة والخراطة والنجارة وأقامت مصنعاً للطوب وكانت الشركة ما زالت تواجه مشكلة نقص مياه الشرب فاتفقت مع السيد محمد الجيار صاحب مراكب الصيد على نقل مياه الشرب من المطرية إلى بورسعيد
قام الخديوي سعيد في 12 أبريل 1861 بزيارة الميناء الذي حمل اسمه فيما بعد وزار الورش وأثنى على العمل وتسببت تلك الزيارة في رفع عدد العمال اللازمين لحفر القناة.
في 19 أبريل 1861 أرسلت الشركة 3000 عامل لحفر ترعة المياه العذبة بدءاً من القصاصين إلى قرية نفيشة بالقرب من بحيرة التمساح ووصلت المياه إليها في 23 يناير 1863.
في أواخر عام 1861 قام الخديوى بزيارة مناطق الحفر بجوار بحيرة التمساح واختار موقع المدينة التي ستنشأ بعد ذلك والتي حملت اسم الإسماعيلية وطلب بعدها مسيو دى ليسيبس زيادة عدد العمال إلى 25000 عامل شهرياً وقد كان ذلك للوفاء باحتياجات الحفر إلا أن العمال لم يكونوا يحصلوا على مقابل مادى مناسب
في 18 نوفمبر 1862 أقام مسيو دي لسبس احتفالاً بمناسبة الانتهاء من حفر القناة البحرية المصغرة ووصول مياه البحر المتوسط إلى بحيرة التمساح وأقيم الحفل في منطقة نفيشة
وكان الخديوى إسماعيل قد تولى حكم مصر في يناير 1863 وتحمس للمشروع ولذلك أنشأ محافظة القنال في مارس1863 برئاسة إسماعيل حمدى بك وفى أواخر ذلك العام وتحديداً في 15 ديسمبر 1863 بلغت الترعة الحلوة مدينة السويس.
ولأن مشكلة مياه الشرب كانت ما زالت مستمرة وخاصة في بورسعيد فقد بدأت الشركة في 10 أبريل 1864 في مد خط أنابيب المياه العذبة من التمساح إلى بورسعيد وقامت شركة المهندس لاسرو بذلك....وبسبب كثرة العمال وعدم وجود رعاية صحية كافية لهم فقد انتشر أكثر من وباء بينهم قضى على كثير منهم ومن ...شهر هذه الأوبئة وباء الكوليرا وظهر في 16 يونيو 1865 ووباء الجدرى في أواخر عام1866.... وفى 18 مارس 1869 وصلت مياه البحر المتوسط إلى البحيرات المرة. وفى 15 أغسطس ضربت الفأس الأخيرة في حفر القناة وتم اتصال مياه البحرين في منطقة الشلوفة ...و عليه فقد تم استخراج 74 مليون متر مكعب من الرمال والتكاليف 369 مليون فرنك فرنسي وعدد العمال مليون... ويبلغ عدد الذين استشهدوا من اجدادنا أثناء الحفر 125 ألف عامل ويبلغ طول القناة 165 كم وعرضها 190 م وعمقها 58 قدم.
دعا الخديوى إسماعيل أباطرة وملوك العالم وقريناتهم لحضور حفل الافتتاح والذي تم في 16 نوفمبر 1869، وقد كان حفلا أسطوريا ووصلت الحفلة إلى مستوى فاق ما نسمعه عن حكايات ألف ليلة وليلة...كان طبيعيًا أن تكون البداية هي الاهتمام بزى العسكر وخاصة العاملين بالجوازات والصحة لأنهم في طليعة المستقبليين للملوك كما روعى الاهتمام بنظافة المدينة، وتم حث التجار على توريد الخضروات واللحوم والأسماك كبيرة الحجم لبورسعيد لمواجهة الطلبات المتزايدة كما روعى إحضار الثلج من القاهرة كذلك جهز عدد من السفن لإحضار المدعوين من الإسكندرية الي بورسعيد
وفى أوائل نوفمبر 1869 أخطر ديليسبس محافظة بورسعيد بأن الخديوى أذن في بدء إعداد الزينات وعلى الفور تم إخلاء الشوارع وترتيب العساكر اللازمين لحفظ الأمن وامتلأت بورسعيد بالمدعوين، وكان الخديوى قد طلب من مديرى الأقاليم أن يحضروا عدداً من الأهالي بنسائهم وأطفالهم لحضور حفل الافتتاح فانتشروا على خط القناة من فلاحين ونوبيين وعربان بملابسهم التقليدية حتى أن الإمبراطورة أوجيني أبرقت إلى الإمبراطور نابليون الثالث بأن الاحتفال كان فخماً وأنها لم تر مثله في حياتها ومما زاد الأمر أبهة اصطفاف الجيش والأسطول المصري في ميناء بورسعيد بالإضافة لفيالقه على ضفاف القناة
وأقيمت 3 منصات خضراء مكسوة بالحرير خصصت الكبرى للملوك والأمراء، والثانية إلى اليمين لرجال الدين الإسلامي ومنهم الشيخ مصطفى العروسى والشيخ إبراهيم السقا، والثالثة إلى اليسار وخصصت لرجال الدين المسيحي، وجلس بالمنصة الكبرى الخديوى إسماعيل ومسيو دى ليسيبس والإمبراطورة أوجيني إمبراطورة فرنسا وفرنسوا جوزيف إمبراطور النمسا وملك المجر وولى عهد بروسيا والأمير هنرى شقيق ملك هولندا وسفيرا إنجلترا وروسيا بالآستانة والأمير محمد توفيق ولى العهد والأمير طوسون نجل محمد سعيد باشا وشريف باشا ونوبار باشا والأمير عبد القادر الجزائري.... وقد بلغ عدد المدعوين من ذوى الحيثيات الرفيعة زهاء ستة ألاف مدعواً، وحتى يوم 15 نوفمبر كان قد تم استدعاء خمسمائة طباخ من مرسيليا وجنوة وتريستا....واصطف العسكر عند رصيف النزول لحفظ الأمن ومنع الازدحام وكانت المراكب الحربية قد اصطفت على شكل نصف قوس داخل ميناء بورسعيد في منظر بديع، وبعد أن تناول الجميع الغذاء على نفقة الخديوى صدحت الموسيقى بالغناء وبعزف النشيد الوطني وتلا الشيخ إبراهيم كلمة تبريك وقام الحبار من الدين المسيحي وأنشدوا نشيد الشكر اللاتيني...وفى المساء مدت الموائد وبها شتى أنواع الأطعمة والمشروبات وانطلقت الألعاب النارية والتي تم استيرادها خصيصاً لهذا الغرض وتلألأت بورسعيد بالأضواء وأنغام الموسيقي....وقد استخدم الخديوى إسماعيل تلك المناسبة لإظهار مدى حضارة مصر ولمحاولاته إظهار مزيد من الاستقلالية عن الآستانة .. وتتذكرون طبعا ان اوبرا عايده كانت العمل الاوبرالى الذى طالب به الخديوى اسماعيل الموسيقار فيردى بتاليفه للعرض فى الافتتاح الا انها لم تعرض للاسف وعرضت فيما بعدز
ومن الطريف هنا ان نذكر انه بعد افتتاح قناة السويس للملاحة الدولية عام 1869 حدثت هجرة لبعض الكائنات البحرية والاسماك من البحر الأحمر إلى البحر الابيض المتوسط خلال القناة واستوطنته بل ونجحت في الوصول إلى بعض المناطق في الغرب وبالتحديد إلى تونس.... وقد سجل تقريباً 30 نوعا من الأسماك التي هاجرت إلى البحر الأبيض المتوسط ومن أشهر هذه الأنواع السيجان والبربونى. على الجانب الآخر استطاع 5 أنواع فقط من اسماك البحر المتوسط من عبور قناة السويس والعيش في البحر الأحمر.